De namen 'Winksele' en 'Vormezele' doen het vermoeden rijzen dat er in de Frankische periode enkele belangrijke nederzettingen bestonden. Er wordt ook aangenomen dat de Vilvoordsebaan en de Warotstraat Romeinse secundaire heirbanen waren. Vanaf 1133 wordt Winksele in verschillende documenten als dorp vermeld. In de 12 de eeuw bouwden de inwoners een stenen kerk tussen de IJzerenberg en de Hogebeek.
Plaatsnaamverklaring
De naam 'Winksele' kan waarschijnlijk verklaard worden als de samenstelling van 'Winiko', een Germaanse persoonsnaam, en 'sele', een Germaans woord dat staat voor ‘een woning die uit één ruimte bestaat’. Verklaring ‘woning van Winiko’. De oudste bekende schrijfwijze ‘Wenekensele’ dateert van 1133.
De naam ‘Delle’ duidt op landerijen in een dal.
Bestuur
Winksele behoorde in de feodale periode tot het Hertogdom Brabant. Leenmannen van de Hertog en enkele Leuvense abdijen en kloosters hadden er belangen.
Bij betwistingen konden de inwoners een beroep doen op het Leuvense gewoonterecht. Vanaf de 14 de eeuw maakte Winksele deel uit van de meierij Herent. Toch werd de gemeente reeds bestuurd door een schepenbank met een vrij grote bevoegdheid. In 1309 had Winksele een eigen gemeentezegel.
In 1505 kocht Willem van Croy, die Heer van Chièvres was, Winksele, Veltem en Herent van de Boergondische Hertog Filips de Schone. In 1521 werd zijn neef Filips II de Heer van Winksele. In 1555 werd Winksele opnieuw opgenomen in het koninklijk domein.
Filips IV van Spanje schonk Winksele in 1645 aan Jan van Couwenhove. Die bezat een kasteel in de omgeving van de Vilvoordsebaan, de Lipselaan en de St. Jobsweg. In 1666 werd zijn zoon Carolus heer van Winksele. Hij werd Burgemeester van Leuven en liet de inwoners van Winksele zware karweien uitvoeren. Hiervoor werd hij door de kerkelijke overheid op de vingers getikt.
In 1716 werd Winksele verkocht aan Baron Nicolas Joseph de Baert de Berentrode. François Romain van 't Sestich, Heer van Ophem, werd eigenaar van Winksele in 1738. Op de vooravond van de Franse inval in 1793 kwam het dorp in het bezit van Baron Philippe Ghislain Snoy et d'Oppuers. Hij was de laatste Heer van Winksele.
Het dorp werd verscheidene keren geplunderd door voorbijtrekkende legers: in 1543 door de troepen van Maarten van Rossum, in de 17de eeuw door de Fransen, in 1831 door de Nederlanders en in 1914 door de Duitsers.
De Kerk
Oorspronkelijk behoorde de parochie Winksele tot het Bisdom Kamerijk. Later werd het opgenomen in het Prinsbisdom Luik.
In de 12 de eeuw werd de kerk gebouwd in Maaslands-Romaanse stijl. De kerk heeft vierkante pijlers en een toren in zandsteen. De versterkte westertoren is typisch voor de parochiekerken van het Prinsbisdom Luik.
In de 13 de eeuw werd Winksele een belangrijk bedevaartsoord waar bezetenen naar toe kwamen. In de 15 de eeuw werd het bij uitstek de bedevaart tegen krankzinnigheid. Het was dan ook niet verwonderlijk dat in de omgeving van de kerk een 'Dullenhuis' gebouwd werd. In dit huis konden zieken verblijven. In de 15 de eeuw werd dit huis een pesthuis. Het Dullenhuis werd in 1648 afgebroken. In 1661 bouwde men de huidige pastorie. Winksele bleef een bedevaartsplaats tot in de 19 de eeuw.
Aan de kerk werden heel wat verbouwings- en restauratiewerken uitgevoerd. Oorspronkelijk waren er twee zijbeuken, de zuidelijke werd afgebroken en niet opnieuw gebouwd. In de 13 de eeuw bouwde men een voorportaal met een rondboogdeur. In de 14 de eeuw werd een koor in gotische stijl aan de kerk gebouwd. In de 17 de eeuw werd de noordelijke kruisbeuk met stergewelf aangebouwd. Het piramidevormige torendak werd vervangen door een achthoekig dak. In 1938 werd de kerk erkend als beschermd monument. Van 1966 tot 1968 werden de laatste restauratiewerken uitgevoerd.
De drassige veldwegen maakten het de inwoners van Delle dikwijls moeilijk om de vieringen in de kerk van Winksele bij te wonen. Op hun vraag werd in 1900 de H. Hartparochie van Winksele-Delle opgericht. De Padoua werd gebruikt als noodkerk.
In 1914 begon men aan een kerk in neogotische stijl te bouwen. De oorlog en de crisis maakten het bouwen gedurende verschillende jaren onmogelijk. In 1936 werd de bouw onder impuls van pastoor Van Eyck voltooid.
Het Parochiaal Centrum van Diependaal werd gebouwd in 1966.
Op 1 januari 1977 werden de deelgemeenten Veltem-Beisem, Winksele en Herent samen de 'gemeente Herent'.